Секвенирование экзома по панели эпилепсия

Евгения - оказывает бесплатные онлайн-консультации семьям детей, у которых диагноз эпилепсия. Делиться своими знаниями и опытом, что поможет не терять впустую драгоценного времени и начать эффективно лечить вашего ребенка.

Мы были у многих врачей, искали своего, думали, кому можем доверять, и послушать еще одно мнение о нашей ситуации не помешает. Нам нужен был лучший детский врач-эпилептолог, который бы взялся за лечение нашего сына. Всю информацию и регалии этих врачей Вы можете найти в интернете. Наша задача, что бы Вы просто знали, кого вообще можно искать в интернете. Стоимость консультаций приведена на 2016 год.

Глухова Л.Ю. – детский эпилептолог. Автор научных работ. Принимает в Институте детской неврологии и эпилепсии им. Св. Луки.

Бобылова М.Ю. – детский эпилептолог. Принимает в Институте детской неврологии и эпилепсии им. Св. Луки (5000 руб.), проведет с вами консультацию и даст свою электронную почту (на которую действительно отвечает), что бы курировать и отвечать на возникшие вопросы.

Кременчугская М.Р. – детский эпилептолог. Принимает в Институте детской неврологии и эпилепсии им. Св. Луки

Зыков В.П. – детский эпилептолог, автор многих статей. Очень внимательно посмотрел все наши анализы, но опыта применения международных препаратов не так много. Подсказал, какие еще анализы нам можно сдать для поиска причины. Принимает каждую среду в Тушинской детской городской больнице, цена - 3 500 рублей.

Сушко Л. М.
Карпин С. Л.
Лукьянова Е. Г.

Все врачи во всем мире признают видео ээг-мониторинг в качестве адекватной оценки состояния головного мозга ребенка. Исследование должно обязательно включать в себя видео ээг мониторинг ночной, то есть во время длительного сна, а также во время бодрствования ребенка в дневное время суток. Эпилептолог может назначить различное по времени видео ээг: 2 часа, 5 часов, 6 часов, видео ээг мониторинг сна, дневное, суточное и т. д. Это необходимо для того что бы врач увидел приступы и эпиактивность или их отсутствие.

Прежде всего, в срочном порядке, если это только что случилось с вашим ребенком, и вы не знаете причину приступов, вам необходимо сдать первые 2 анализа:

Если у вашего ребенка что то из списка наследственных болезней обмена, то чем быстрее вы это выясните, тем быстрее сможете начинать специальное лечение и шансов, что ребенок будет нормально развиваться, будет больше. Время здесь против вас.

После того как вы получите результаты Полного секвенирования экзома, если там ничего не найдут, то можно отправить результаты в эту организацию (http://www.cureepilepsy.org/egi/patients.asp). Они будут раз в 6 месяцев просматривать ваши результаты по обновившимся базам поломок генов. Т.к. каждый месяц находят и регистрируют новые поломки и есть шанс, что если ничего не нашли сейчас, то позже что то откроют и по вашему анализу появится дополнительная информация.

7) Центр орфанных и других редких заболеваний у детей при Морозовской больнице. Туда так же можно обратиться за консультацией.

8) Консультация у врачей-генетиков:

Михайлова С.В.- зав.отделением медицинской генетики при РДКБ Все ваши анализы можно выслать на электронную почту telemed@rdkb.ru, в теме указать для Михайловой С.В. . Ей передадут ваши анализы и в течение нескольких дней вам пришлют протокол заседания, в котором укажут, какие анализы вам еще можно сделать, к кому рекомендуют обратиться или когда они вас приглашают к себе на консультацию.

Воинова В.Ю. – генетик, принимает в НИКИ Педиатрии на Талдомской (Лаборатория молекулярной цитогенетики нервно-психических заболеваний). Так же можно получить ее мнение о генетических результатах ваших анализов и уточнить, что еще можно сдать.

Общение с ними идет на английском - спасибо Google Translateи школьному курсу английского. Также все анализы для нас переводила компания Медперевод.

Существует разная магнитно-резонансная томография: 1,5 и 3 тесла. 3 тесла считается более детальным исследованием. Но МРТ 3 тесла с Эпи-режимом на данный момент есть только в Санкт-Петербурге (Медем) В скором времени обещают наладить в РДКБ. Главное, уточняйте - есть ли Эпи-режим. Обязательно запишите результат на диск, т.к. все врачи будут смотреть его на консультациях.

Важные моменты:
1.Если вопрос срочный, можете сделать и 1,5 тесла - он позволит оценить, нет ли грубых нарушений в мозге.

2. Дети до 1 года имеют не сформированную структуру мозга. Поэтому не факт, что врач что-то увидит. Соответственно, если вы сделаете МРТ у новорожденного, обязательно повторите его после 1 года.

Российская детская клиническая Больница (РДКБ) Ее оценивают как №2 по опыту лечения эпилепсии у детей в России. Мы там не были, поэтому не можем рассказать о нюансах. Насколько мы понимаем, квалификация врачей в целом хорошая, но условия нахождения хуже Солнцево. Но зато, если вы проживаете не в Москве, у вас есть реальный шанс попасть в РДКБ.

Список больниц заграницей, которые занимаются эпилепсией у детей и новорожденных. В целом, очень много информации приведено на форуме Дети Ангелы. Ниже те больницы, куда мы попробовали обратиться за консультацией.

Германия.Die Fiderklinik
По отзывам хорошая клиника для ввода кетогенной диеты.

Общение с ними идет на английском - спасибо Google Translate и школьному курсу английского. Также все анализы для нас переводила компания Медперевод.

Во всем цивилизованном мире уходят от приема большого количества лекарств одновременно в сторону монотерапии.

Часть лекарств вы не найдете в аптеках. Пока мы доверяем этой компании - они привозят лекарства даже с инструкциями на русском языке.

Советуем Вам почитать справочное руководство для врачей (http://kingmed.info/media/book/3/2178.pdf ) там К.Ю. Мухин и А.С. Петрухин очень понятно объясняют какие международные препараты лечат разные виды эпилепсии.

Когда проходит первый шок от того, что случилось с малышом, когда найден грамотный врач, который начинает спасать вашего ребенка, надо сразу же узнавать о реабилитации. Постепенно подбирая ее под вашу ситуацию.

3)Реабилитационное отделение при РДКБ под руководством профессора Лайшевой О.О. Проводят войту-терапию, бобат-терапию, галилео и т.д.

4) Реабилитационное отделение при Морозовской больнице №18. Проводят полноценную реабилитацию детей с ДЦП.

6) Центр лечебной педагогики Проводят вначале индивидуальную консультацию со всеми специалистами центра, смотрят, что могут предложить ребенку, разрабатывают план дальнейшей реабилитации. Ведут ребенка с самого начала и до полноценной социализации в подростковом возрасте..

10) И остальные методики, по мере готовности вашего малыша: телесное ориентирование, нейросенсорные занятия, иппотерапия в живой нити, канистерапия, дельфинотерапия.

Здесь вы сможете найти ссылки на различную информацию об эпилепсии, форумы, российские, европейские и американские фонды. Информация постепенно будет пополняться.

Форум "Дети Ангелы"
Эпилепсия.doc
Милосердие.ру
Американские фонды в том числе там можно попробовать попасть на тестирование различных методик лечения. Из плюсов - качественный медицинский сервис.
Хорошее интервью у Айвазяна
Хорошая статья про общение с детьми с ограниченными возможностями. Полезна для всех возрастов детей.
Про отношение к детям с ограниченными возможностями

О КОМПАНИИ
- О лаборатории
- Лицензии
Исследования
- ПГТ-А
- Секвенирование экзома
- Отцовство
Контакты

О КОМПАНИИ
- О лаборатории
- Лицензии
Исследования
- ПГТ-А
- Секвенирование экзома
- Отцовство
Контакты

О лаборатории
Лицензии
ПГТ-А
Секвенирование
Отцовство
Контакты

О лаборатории
Лицензии

ПОЛНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ ЭКЗОМА

Полноэкзомное секвенирование — чтение всех экзонов, т.е. белок-кодирующих участков в геноме. У человека около 180 000 экзонов, что составляет примерно 1 % от размера генома, или приблизительно 30 миллионов пар нуклеотидов. При этом примерно 85% известных отклонений, вызывающих наследственные заболевания, происходят именно в этой части генома. Поэтому полное секвенирование экзома является эффективным и важным инструментом молекулярной генетики, а также заменяет дорогостоящие анализы отдельных генов.

ПОКАЗАНИЯ ДЛЯ ПОЛНОЭКЗОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Секвенирование экзома — это исследование для определения генетических повреждений (мутаций) в ДНК, которые являются причиной наследственных болезней. Тест предназначен для использования в совокупности с клиническими данными и другими лабораторными исследованиями с целью диагностики редких генетических заболеваний. Полноэкзомное секвенирования позволят диагностировать заболевания, при которых традиционные диагностические подходы неприменимы.

Многие генетические заболевания имеют сходные клинические проявления, хотя их причиной могут быть мутации в совершенно разных генах. Установлено, что примерно 85% известных патогенных мутаций, вызывающих генетические заболевания, происходят в 1% генома, содержащем экзоны и сплайс-зоны, поэтому исследование этой части генома (полноэкзомное секвенирование) является эффективным и мощным инструментом диагностики для многих пациентов с подозрением на наследственную патологию.

ТЕХНОЛОГИЯ МЕТОДА

Выделение ДНК из предоставленного биологического материала.

Отбор интересующий фракции ДНК (обогащение образцов).

Секвенирование отобраного материала

Биоинформатический анализ полученых результатов.

СТОИМОСТЬ И СРОКИ ИССЛЕДОВАНИЯ

Стоимость исследования полноэкзомное секвенирование с интерпретацией данных + секвенирование по Сэнгеру (семье до 4х человек) — 42 000 руб.

Сроки исследования — 35 рабочих дней.

Выдача сырых данных — бесплатно.

Доставка биоматериала до лаборатории — бесплатно.

ПРЕИМУЩЕСТВА ПОЛНОЭКЗОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ В ЛАБОРАТОРИИ FIRST GENETICS:

Собственная лаборатория, расположенная в сертифицированом помещении высокого класса чистоты.

Специалисты с многолетним опытом работы в области генетики, лабораторной диагностики и биоинформатики.

Бесплатная доставка биоматериала по всей России.

Быстрые сроки исследования - 35 рабочих дней.

Ориентация на качество.

Доступная цена - 42 000 руб.

КАК ПРОЙТИ ИССЛЕДОВАНИЕ

Сдайте биоматериал (венозная кровь) в пробирку с ЭДТА (пробирка с фиолетовой крышкой) в любой лаборатории вашего города

Вызовите курьера по номеру
8 800 201 83 46

После получения образцов лабораторией - через 35 рабочих дней на почту вы получите результаты исследования

Эпилепсия – распространенное хроническое неврологическое заболевание, которое проявляется у детей и взрослых в любом возрасте. При своевременном лечении и соблюдении определенного образа жизни большинству пациентов удается избавиться от приступов заболевания и вести привычный образ жизни.

Причины возникновения эпилепсии у детей

В большинстве случаев эпилепсия обусловлена генетическими факторами – до 70% пациентов. Это не означает, что обязательны приступы у родственников, болезнь может быть у единственного члена семьи, риск передачи по наследству в целом невысокий. В остальных случаях причинами могут быть последствия травм, опухолей, кровоизлияний и других физических повреждений головного мозга.

Симптомы эпилепсии у детей

Симптомы заболевания разнообразны, они зависят от формы заболевания. К основным внешним проявлениям относятся:

судороги во всем теле

судороги в какой-либо области: лице, одной руке, половине тела, подергивания глаз или век

отключения сознания без судорог (абсансы)

Классификация эпилепсии у детей

Согласно рекомендациям Международной противоэпилептической лиги (ILAE) заболевание классифицируют в основном по причине возникновения и типам приступов:

Генерализованные формы, при которых в приступ вовлекаются одновременно два полушария мозга

Фокальные формы с началом приступа в одном полушарии

Структурные формы эпилепсии с физическими нарушениями в коре головного мозга

Генетические формы эпилепсии

Метаболические, иммунные формы эпилепсии и т.д., в зависимости причины болезни

Диагностика эпилепсии у детей

Диагностика заболевания определяется характером приступов. Перед тем как врач назначит обследование, необходим очный осмотр пациента и консультация с родителями. Всегда рекомендуется принести на прием видеозапись приступа, которая поможет врачу определить первоочередные шаги в диагностике.

В первую очередь часто назначается электроэнцефалография (ЭЭГ). На ЭЭГ можно увидеть картину электрической активности мозга и ее изменения, связанные с эпилептическими приступами. У многих пациентов стандартная короткая ЭЭГ неинформативна, поэтому в некоторых случаях нужно выполнять видео-ЭЭГ мониторинг, желательно, с записью самих приступов. Это намного более надежный метод диагностики, который позволяет выявить, где находится источник приступов, подтвердить диагноз или исключить его. Такое исследование выполняется в течение нескольких часов и суток, в зависимости от особенностей конкретного пациента.

Кроме ЭЭГ в большинстве случаев выполняется магнитно-резонансная томография (МРТ) головного мозга. МРТ не показывает наличие эпилепсии, но помогает определить поврежденные участки головного мозга, в которых генерируется приступ. Эти участки могут оказаться опухолями, врожденными аномалиями, изменениями после травм и нарушений кровообращения и т.д.

Нейропсихологическая диагностика также показана пациентам с подозрением на эпилепсию. Она может помочь уточнить, насколько приступы мешают познавательным функциям ребенка. Кроме того, при тестировании уточняется локализация конкретного участка головного мозга, где предполагается источник приступов. В рамках нейропсихологической диагностики проводятся тесты на внимание, речь и память ребенка, которые являются важной составляющей для постановки окончательного диагноза.

Если у пациента предполагается генетическая форма эпилепсии, то рекомендуется проведение молекулярно-генетического исследования. Существуют методы выявления изменений (мутаций) генов, при которых появляется эпилепсия: секвенирование экзома, либо секвенирование только определенных наборов (панелей) генов. По результатам таких исследований часто можно понять, пройдет ли эпилепсия самостоятельно, будет ли заболевание прогрессировать, каков потенциал предполагаемого лечения и побочные эффекты от него, а также может ли данная форма заболевания быть передана по наследству.

Лечение эпилепсии у детей в ЕМС

Лечение эпилепсии может быть медикаментозным или, в некоторых случаях, хирургическим. В EMC лечение эпилепсии проводится в соответствии с международными стандартами и требованиями Международной противоэпилептической лиги.

Медикаментозное лечение необходимо для сокращения частоты приступов, а в дальнейшем – с целью наступления полной ремиссии. Препарат назначается с учетом типа приступа, формы эпилепсии, наличия сопутствующих заболеваний. При отсутствии приступов и серьезных побочных эффектов лечение продолжается непрерывно в течение нескольких лет, после чего возможна полная отмена препаратов. Лечение всегда проводится под контролем врача. В EMC у пациентов всегда есть возможность оперативно связаться с лечащим врачом в случае острого состояния или для уточнения других вопросов.

Хирургическое лечение может быть показано, если у пациента имеется очаговое повреждение головного мозга, приводящее к приступам. В таких случаях хирургическая операция часто необходима, чтобы эпилепсия не привела к задержке развития у ребенка.

Профилактика детской эпилепсии

Невозможно предсказать появление эпилептических приступов, если их никогда не было. Даже если сделать ЭЭГ и увидеть эпилептиформную активность, вероятность появления приступов останется неясной — у многих здоровых людей есть патологические изменения ЭЭГ, которые никак себя не проявляют. Однако если у пациента уже диагностирована эпилепсия, то профилактика приступов может быть возможной в зависимости от симптомов заболевания. Например, если у ребенка приступы возникают в ответ на световые мелькания, то приходится ограничивать игры на компьютере или просмотр телевизора, т.к., например, некоторые видеоигры содержат мелькающие изображения, способные спровоцировать приступы. Конкретные меры профилактики обязательно порекомендует врач в зависимости от показаний и состояния пациента.

Консультация врача-генетика входит в стоимость услуги*

Экзом — часть генома, отвечающая за синтез белка в организме. Экзом человека соответствует примерно 1 % всего генома или 30 миллионам пар нуклеотидов. Тем не менее, мутации в экзоме составляют до 85 % от всех мутаций, связанных с болезнями. Для клинических целей в большинстве случаев достаточно данных, полученных в результате прочтения экзома. Подробнее об услуге секвенирования экзома здесь.

Посмотреть пример заключения в новом окне

Геном — совокупность всего наследственного материала, заключенного в клетке организма. Геном человека построен из ДНК, упакованной в 23 пары хромосом (22 пары так называемых аутосом и одна пара половых хромосом), находящихся в ядре клетки. Геном человека содержит примерно 3,1 млрд пар нуклеотидов. Секвенирование генома в клинических целях используется редко из-за большей дороговизны по отношению к секвенированию экзома. В большинстве случаев клинические задачи решаются анализом экзома.

Интерпретация данных — это процесс анализа данных секвенирования с целью поиска в них изменений ДНК, ассоциированных с состоянием здоровья обследуемого или потенциальными рисками для потомства. Результаты интерпретации данных отражаются в заключении по результатам секвенирования экзома или генома. Для пояснения полученных результатов секвенирования рекомендуется консультация врача-генетика.

Чтобы быть уверенным в том, какой именно анализ необходим именно в вашем случае, пройдите предварительную консультацию врача-генетика очно или удаленно. Это избавить вас от необходимости переплачивать за анализ генома, если для клинических целей достаточно будет данных экзома. Записаться на консультацию к генетику можно по бесплатному телефону . Познакомиться с врачами-генетиками можно в соответствующем разделе.

Все анализы, сделанные у нас, интерпретируются и проверяются тремя специалистами, что обеспечивает непревзойденную точность исследования.

Секвенирование по методу NGS (next generation sequencing) проводится на новейших приборах последнего поколения от компании Illumina Inc, которые позволяют получить быстрый и очень надежный результат.

Позволяет проводить высококачественный, быстрый и недорогой анализ, в том числе на уровне целых геномов. Обладает большей пропускной способностью по сравнению с другими системами, обеспечивает высокое покрытие, не имеет ограничений по характеру приложений (включая полноэкзомное и полногеномное секвенирование).

Высокопроизводительный секвенатор, который позволяет секвенировать экзомы, полные геномы и транскриптомы. Секвенатор и сканер биочипов в одном приборе.

Система сочетает в себе надежную технологию секвенирования посредством синтеза и позволяет получить проанализированные данные из ДНК всего лишь через восемь часов. Система MiSeq объединяет генерацию кластеров, секвенирование и анализ данных в одном приборе.

Новое оборудование позволяет сократить сроки проведения исследований и значительно снизить их стоимость.

Полноэкзомное секвенирование ДНК человека
В стоимость включена интерпретация данных полученных по результатам секвенирования. В стоимость включена удалённая консультация врача-генетика.

35 рабочих дней

Полногеномное секвенирование ДНК человека срочное с интерпретацией данных (необходима клиническая информация)
В стоимость включена интерпретация данных полученных по результатам секвенирования. В стоимость включена удалённая консультация врача-генетика.

45 рабочих дней

Полногеномное секвенирование ДНК человека с интерпретацией данных, для клинических целей - 90 (необходима клиническая информация)
В стоимость включена интерпретация данных полученных по результатам секвенирования. В стоимость включена удалённая консультация врача-генетика.

90 рабочих дней

15 рабочих дней

Интерпретация "чужих" данных, полученных по результатам секвенирования:

- для поиска предположительно наследственного заболевания (необходима клиническая информация);

- для уточнения риска рождения больного ребенка (выдается в виде списка патогенных вариантов).

Интерпретация "чужих" данных, полученных по результатам секвенирования:

- для поиска предположительно наследственного заболевания (необходима клиническая информация);

- для уточнения риска рождения больного ребенка (выдается в виде списка патогенных вариантов).

* В стоимость услуг по секвенированию генома и экзома входит консультация врача-генетика онлайн

Для чего необходимо секвенирование экзома?

для уточнения прогноза течения заболевания;

для уточнения наследственного генетического риска для членов семьи;

Для чего необходимо секвенирование генома?

с целью выявления мутаций в регуляторных и других некодирующих областях генома, которые могут быть причиной наследственных заболеваний;

для научной работы по поиску новых генов, отвечающих за наследственные заболевания.

Для проведения исследования необходимо сдать кровь из вены.

В день сдачи анализа не рекомендуется употреблять жирную пищу.

В качестве материала для исследования - сбор венозной крови (не менее 4мл в пробирку с ЭДТА);

Биоинформатическая обработка результатов (по запросу);

Заключение врача-генетика (по запросу);

Верификация результатов - по запросу (Найденные варианты, интерпретированные как вероятная причина заболевания, подтверждаются референсным методом - секвенированием по Сэнгеру).

Для проведения исследования необходимо сдать кровь из вены.

В день сдачи анализа не рекомендуется употреблять жирную пищу.

В качестве материала для исследования - сбор венозной крови (не менее 4мл в пробирку с ЭДТА);

Биоинформатическая обработка результатов (по запросу);

Заключение врача-генетика (по запросу);

Для поиска предположительного наследственного заболевания (обязательно предоставление выписки/заключения от врача):

По результатам анализов вы получите заключение биоинформатика и заключение лаборатории с данными о технических характеристиках и качестве сиквенса.

Мы анализируем результаты секвенирования с учетом индивидуальных особенностей: семейный анамнез, возраст манифестации, данные врачебного осмотра и других лабораторных исследований.

Для интерпретации результатов анализа пациенту и членам семьи рекомендована консультация врача-генетика.

По запросу дополнительно пациенту или его законному представителю могут быть предоставлены:

Секвенаторы на платформе Ion Torrent делают высокопроизводительное секвенирование простым, быстрым и доступным — секвенируете ли вы панели генов, транскриптомы, экзомы или геномы.

Ion torrent

Целевое секвенирование

Почти половина NGS-исследований на сегодняшний день связана именно с целевым секвенированием. Такой дизайн эксперимента позволяет считывать не весь геном/транскриптом, а только те его фрагменты, которые необходимы для последующего анализа. Можно использовать десятки генных панелей для исследования наследственных заболеваний, различных видов рака, экспрессии генов. Панели хорошо зарекомендовали себя в ведущих лабораториях, специализирующихся на научных исследованиях и в медицинской генетике.

Секвенирование экзома

Секвенирование экзома — стратегия секвенирования всех белок - кодирующих генов в геноме (то есть экзома), предполагающая выбор только тех участков ДНК, которые кодируют белки (экзонов) и их последующее секвенирование с использованием высокопроизводительного секвенирования ДНК. У человека насчитывается около 20 000 генов (180 000 экзонов), что составляет примерно 1 % от размера генома, или приблизительно 30 миллионов пар нуклеотидов, однако мутации в этой части генома выявляются в 85% случаев и могут иметь значительно более тяжелые последствия, чем в оставшихся 99%.

Основное преимущество экзомного секвенирования в том, что оно позволяет проводить массовый скрининг генов и обнаруживать мутации в белок-кодирующих последовательностях, ассоциированные с заболеваниями, но при этом проще и дешевле, чем полногеномное секвенирование.

Секвенирование транскриптома

Метод секвенирования РНК становится основным методом определения того, какие гены и на каком уровне экспрессируются в клетке. С помощью РНК секвенирования можно определять различия в экспрессии генов на различных стадиях развития организма или в разных тканях. Также можно определить транскрипция каких генов изменяется при развитии болезней и рака. В связи с удешевлением методов секвенирования нового поколения появилась возможность определять экспрессию генов у любого человека для диагностики заболеваний.

Другие исследования

Анализ копийности генов (CNV) и определение анеуплоидий, анализ мутаций и копийности генов парафинизированных (FFPE) образцов, выявление специфичных для опухолей генетических перестроек, изучение полномасштабных профилей экспрессии генов, исследование известных мутации, связанных с метаболизмом лекарств, проверка наличия каузативных мутаций для исследований специфических путей развития заболеваний, выявление мутаций, ассоциированных с устойчивостью к антибиотикам, идентификация видов бактерий в смешанных образцах и др.

Клинический диагностический генетический тест — это тестирование на подтверждение или уточнение наследственной формы того или иного заболевания

Чтобы говорить о клинических генетических тестах более подробно, дадим упрощенные определения нескольким специализированным понятиям, с которыми мы в дальнейшем столкнемся.

Генотип — это совокупность всех генов организма
Фенотип — совокупность всех признаков организма, которые формируются в результате взаимодействия всех генов друг с другом и с факторами среды. На протяжении жизни фенотип может изменяться, а вот генотип остается неизменным.
Геном — наследственный материал, заключенный в клетке организма.
Человеческий геном состоит из 23 пар хромосом (двадцать две универсальные для мужчин и женщин хромосомы, две половые хромосомы, набор которых формирует отличия мужчин и женщин) и митохондриальной ДНК.
Хромосома — это содержащая ДНК структура, которая несет в себе гены, единицы наследственности, расположенные в линейном порядке. Аномалия в хромосомах может вызывать у людей определенные генетические нарушения.
ДНК — макромолекула (одна из трёх основных, две другие — РНК и белки), обеспечивающая хранение, передачу последующим поколениям и реализацию генетической программы развития и функционирования организма. Молекула ДНК хранит биологическую информацию в виде генетического кода, состоящего из последовательности нуклеотидов.
Экзон — последовательность ДНК, которая кодирует синтезируемый белок.
Экзом — совокупность всех экзонов. Он составляет менее 2% генома.
Клинический экзом — совокупность всех генов экзома, клиническая связь которых с заболеваниями научно доказана. Это примерно четверть генов полного экзома, однако именно здесь располагаются около 85% всех известных медицине клинически значимых мутаций.
Секвенирование экзома — технология определения последовательности всех белок-кодирующих генов в геноме с целью обнаружить генетические изменения. Преимущество экзомного секвенирования в том, что оно позволяет проводить массовый скрининг генов и обнаруживать мутации в последовательностях, ассоциированные с заболеваниями.

Секвенировать весь геном — возможно, но дорого и сложно, а главное на выходе получится колоссальное количество информации, большая часть которой не имеет практического значения для человека из-за невозможности интерпретировать ее в контексте конкретного запроса. Поэтому секвенирование, как правило, проводится в рамках генетической панели, под которой подразумеваются все гены, имеющие отношение к какому-то конкретному фактору, например, к заболеванию.

Закончим на этом экскурс в теоретическую генетику и вернемся к рассказу о том, что такое клинические генетические тесты и кому и в каких ситуациях они необходимы.

Клинический диагностический генетический тест — это тестирование на подтверждение или уточнение наследственной формы того или иного заболевания. Как правило, такой тест проводится по рекомендации врача для уточнения диагноза, предполагаемого исходя из анамнеза, анализов и общей клинической картины. Тестирование проводят по специализированной панели, которая выбирается генетиком под конкретное заболевание. Сейчас используются десятки видов панелей — сердечно-сосудистые, нейродегенеративные, онкологические, офтальмологические, дерматологические, неврологические и многие другие.

Качество процесса секвенирования имеет ключевое значение и здесь можно оценить разницу между клиническими и неклиническими генетическими тестами. Базовое прочтение основано на технологии поколения нового секвенирования — Next-generation sequencing (NGS). Но, к сожалению, по этой методике не все участки гена могут прочитаться одинаково правильно, поэтому в клинических тестах, чтобы избежать ошибок, спорные фрагменты, важные для данного гена в контексте конкретного заболевания, секвенируются повторно более дорогостоящим старым методом последовательного секвенирования.

Что дает подтверждение наследственной формы заболевания, которое мы можем получить в результате тестирования? Как бы патетично это не звучало, но это дает надежду и более долгую и благополучную жизнь многим пациентам.

Чтобы понять, как это работает, рассмотрим случай из практики:

Ребенок с трех лет страдает аритмией, были случаи остановки сердца. ЭКГ и общая клиническая картина позволяют предположить наследственный синдром удлиненного интервала QT. Пациенту поставлен автоматический дефибриллятор для перезапуска сердца в случае его остановки, но дефибриллятор срабатывает слишком часто, так как врачи не нашли подходящую антиаритмическую лекарственную терапию. Когда в клинике Неббиоло генетики получили результаты генетического теста, удалось определить мутацию в гене, кодирующем определенный ионный канал в сердце и тип данного синдрома. Оказалось, что мутация по своему механизму действия кардинальным образом отличается от всех других, описанных при этом типе аритмии. Получилось, что в данном случае пациенту нужен другой класс антиаритмических препаратов. В итоговом заключении генетиков это было конкретно прописано к чему может приводить данная мутация и рекомендован конкретный класс препаратов. И теперь, зная это, кардиологи подберут антиаритмик, который сможет существенно улучшить качество жизни ребенка, предотвратить несвоевременное срабатывание дефибриллятора и продлить срок службы его батареи, что в данной ситуации тоже очень важно.

Итак, мы рассмотрели отличия обычного и клинического тестирования, и можем сказать, что клинический генетический тест отличается от теста на предрасположенность, и из него можно получить более конкретную информацию, которая при должной интерпретации поможет диагностировать заболевание и назначить эффективное лечение.

Читайте также: